实验室净化工程等级设计也很关键，一般的无菌室实验室洁净度等级都是万级，一般普通实验室则大范围十万级~万级的布局设计。生物实验室、阳性对照实验室以及微生物培养实验室则需按照静态百级的洁净室标准进行设计、施工。

万级无菌室容积小而严密，使用一段时间后，室内温度很高，故应设置通气窗。通气窗应设在内室进门处的顶棚上(即离工作台zui远的位置)，为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式窗扇。通气窗可在内室使用后、自净前开启，以流通空气。有条件可安装恒温恒湿机。

万级无菌室有足够的存储空间摆放物品以方便使用。在实验室工作区域处还有供长期使用的存储空间。在实验室的工作区域处应有存放个人衣物的条件。在实验室所有的建筑内配备高压蒸汽自净器，并按期检查和验证，以保证符合要求。

万级无菌室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。房间容积不宜过大，以便于空气自净。内间面积2 ×2.5＝5m2，外间面积1 × 2＝2m2，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。内间应当设拉门，以减少空气的波动，门应设在离工作台远的位置上，外间的门也用拉门，要设在距内间zui远的位置上。在分隔内间与外间的墙壁或 "隔扇 "上，应开一个小窗，作接种过程中必要的内外传递物品的通道，以减少人员进出内间的次数，降低污染程度。小窗宽60cm、高40cm、厚30cm，内外都挂对拉的窗扇。