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医院自成立以来，致力于胃癌、乳腺癌、肺癌、结直肠癌、肝癌、食管癌、恶性淋巴瘤、恶性黑色素瘤、泌尿系统肿瘤、妇科肿瘤、头颈部肿瘤、骨肿瘤、软组织与腹膜后肿瘤等各种肿瘤的诊断、综合和转化研究。其中胃癌防治体系方面的研究两次获得了国家科技进步二等奖。
北京大学肿瘤医院是全国肿瘤学博士学位授权点和博士后流动站。医学教育涵盖本科生、硕士生、博士生、博士后以及进修生、职工的继续教育。每年定期举办全国临床肿瘤医师进修班和国家继续教育项目全国性学习班。